An R package containing most of the methods presented in Statistical Analysis of Contingency Tables can be found on GitHub: https://github.com/ocbe-uio/contingencytables

The methods are also available as Matlab files:

Chapter
Chapter 2 The 1x2 Table and the Binomial Distribution              chap2M.zip
Chapter 3 The 1xc Table and the Multinomial Distribution       chap3M.zip
Chapter 4 The 2x2 Table                                                                            chap4M.zip
Chapter 5 The Ordered rx2 Table                                                           chap5M.zip
Chapter 6 The Ordered 2xc Table                                                           chap6M.zip
Chapter 7 The rxc Table                                                                              chap7M.zip
Chapter 8 The Paired 2x2 Table                                                               chap8M.zip
Chapter 9 The Paired cxc Table                                                                chap9M.zip
Chapter 10 Stratified 2x2 Tables and Meta-Analysis                     chap10M.zip
Matlab files by Morten W. Fagerland
R files by Ole Christian Lingjærde, maintained by Waldir Leoncio Netto